The power of the saint is all around. Takanashi Sei là một nữ nhân viên văn phòng tuổi 20 có chút tham công tiếc việc. Trong một buổi tối về nhà sau giờ làm thêm, cô đột nhiên bị một luồng ánh sáng bao phủ và bị triệu hồi sang thế giới khác dưới thân phận "Thánh Nữ".
Từ xa xưa, vùng đất này là nơi sinh sống của những con thú có kích thước bằng ngọn núi giờ đã hóa đá. Mana tràn ra từ phần còn lại của họ, thu hút những người tìm kiếm sức mạnh của nó và các nền văn minh mọc lên. Mọi người đến để tôn kính những sinh vật sản xuất mana này, mà họ đặt tên là Những con thú nguyên thủy
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở Nhật Bản vào năm 2020. Câu chuyện xoay quanh Shin Hazama, và một phiên bản của chính anh ta đã sống một cuộc sống khác ở một Nhật Bản khác xuất hiện. Một vết nứt mở ra trong cuộc sống hàng ngày mà anh nghĩ rằng không thể thay đổi.