Nhưng không may, ông gặp khó khăn về tài chính trong quá trình làm nghiên cứu, vì thế đành phải nhận sự trợ giúp của một doanh nhân giàu có Paul Kirby. Đó là một chuyến bay tới vùng Isla Sorna hẻo lánh, nơi có cơ sở nghiên cứu thứ hai của InGen. Theo thỏa thuận này, tiến sĩ Alan sẽ có tài trợ trang trải cho những nghiên cứu của mình.
Sau khi rửa tay gác kiếm, họ hỗ trợ người bạn của mình là chú Minh đi đến Biển Đông để trục vớt ngọc trai. Di tích của một quốc gia ngàn năm tuổi, họ đã trải qua biết bao gian khổ và nguy hiểm dưới đáy biển.
Đây là đỉnh điểm cuộc đấu tranh của những dị nhân với loài người. Một bên là cộng đồng dị nhân ác với âm mưu thống trị thế giới, một bên là những dị nhân lương thiện của trường đào tạo do Xavier đứng đầu. Cuộc chiến không khoan nhượng với khẩu hiệu: “Một người vì mọi người” và “Kẻ mạnh sẽ chiến thắng”
Alice – nay đã 19 tuổi – được gọi trở lại Wonderland để hoàn thành sứ mệnh của mình: lật độ sự cai trị của Nữ Hoàng Đỏ và đem lại hòa bình cho thế giới này.
Trong một tương lai gần tại Nhật Bản, tiến sĩ Komyoji Nobuhiko là người chịu trách nhiệm dự án nghiên cứu robot của chính phủ mang tên "ARK Project". Tuy nhiên, sau cái chết của ông, dự án đã rơi vào tay đối thủ của ông là Kanzaki và bộ trưởng bộ Quốc phòng Tsubakiya. Jiro/Kikaider, một người máy có ý thức được tạo ra bởi Komyoji, phải chiến đấu chống lại dự án vốn đã đi chệch hướng, cũng như bảo vệ hai người con của tiến sĩ là Mitsuko và Masaru, những người đang nắm giữ chìa khóa hoàn thành dự