Bối cảnh câu chuyện là nước Anh thế kỷ 19 và trung tâm là Lydia với cái tên “fairy doctor”. Cuộc sống của cô xoay 180 độ khi cô gặp một Bá tước Hiệp sĩ xanh huyền thoại tên Edgar và người hầu của anh. Anh ta đã thuê cô làm cố vấn trong cuộc truy tìm để giành lại thanh gươm báu được lưu truyền trong dòng họ minh.
Chuyện diễn ra tại 1 nơi mà con người đã làm chủ được bầu trời. Nơi đây tồn tại 1 chủng tộc người khác được biết đến dưới tên gọi Edel Raid. Họ ngoài hình dáng giống con người ra chỉ khác ở chỗ trên cơ thể họ có gắn thêm viên đá Erementar Gerad.
Câu chuyện xoay quanh Lloyd, một nhà thám hiểm mới vào nghề với ước mơ khám phá ra sức mạnh thực sự của mình mà cậu từng mơ ước, mặc dù lớn lên cùng những lời châm chọc của hàng xóm luôn coi mình là kẻ yếu kém.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.