Câu chuyện kể về những chuyến hành trình của nhà thám hiểm trẻ Kino và chiếc xe mô-tô biết nới Hermes của mình. Trong suốt cuộc phiêu lưu, họ gặp gỡ và làm quen với nhiều người ở nhiều vùng văn hóa khác nhau, và mỗi nơi họ đều chỉ dành ra 3 ngày để ở lại.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Sakura Akari là một cô bé học lớp 6. Cô bé không tin vào bản thân mình nên đã không đủ can đảm để nói những lời từ tận đáy lòng mình.Ruby là một con thỏ từ Jewelland tới thế giới nơi Akari sống để tìm kiếm cộng sự của mình. Và tại đây Ruby đã gặp Akari và cùng nhau họ đã trở thành học viên của học viện phép thuật ở thế giới Jewelpets-Jewelland. Tại đây họ đã gặp Miria, Sara và Leon và những người khác. Tấm lòng của Akari đã lan tỏa đến Miria và Sara đã làm họ trở thành bạn bè của nhau. Ước mơ