Bối cảnh câu chuyện diễn ra trong một thế giới gothic fantasy, kể về Teito Klein. Một nô lệ mồ côi, người đã trở thành học viên xuất sắc nhất của Học viện Quân đội. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã làm cho cậu bị rượt đuổi bởi lực lượng của Đế quốc Barsburg. Để thoát bị kết án, nhà thờ đã che chở cho Teito dựa vào luật lệ dành cho nơi tôn nghiêm.
Là sequel của anime nổi tiếng Eureka Seven chiếu năm 2005. Câu chuyện lần này lấy bổi cảnh là đảo Iwado của Okinawa, trong thời gian gần đây bỗng nổi lên 1 phong trào đòi quyền tự trị. Nhân vật chính Ao Fukai sống cùng 1 ông bác sĩ già tên Toshio, cha cậu không rõ đã đi đâu còn mẹ cậu đã bị bắt cóc bởi 1 nhóm người lạ mặt 10 năm về trước. Cậu chơi thân với Naru Arata, 1 cô bạn chứa trong mình 1 sức mạnh có tên “yuta”.
Juri Yukawa sống với cha và anh trai NEET, ông nội đã nghỉ hưu, chị gái (một bà mẹ độc thân) và cháu trai trẻ của bà. Một ngày nọ, cháu trai và anh trai của cô bị bắt cóc để chuộc. Chỉ có 30 phút để đáp ứng nhu cầu của những kẻ bắt cóc, Juri, người nhận ra rằng không có đủ thời gian để chuẩn bị tiền, quyết định tự cứu mình bằng dao trong tay khi ông nội của cô sử dụng một viên đá bí ẩn đi qua trong Yukawa gia đình để dừng thời gian.
Có một truyền thuyết được truyền miệng từ những đứa trẻ - một truyền thuyết về một tử thần có thể giải phóng con người khỏi nỗi đau mà họ đang chịu đựng. Tử thần này có tên là Boogiepop. Nhưng đây không phải là một truyền thuyết hư cấu, vì Boogiepop có tồn tại.
Nhóm năm học sinh cao trung thân thiết với nhau tuy rằng có xuất thân, hoàn cảnh và con người khác nhau. Bỗng một ngày nọ, họ phát hiện ra 1 trong 5 người phải chịu khoản nợ đến 20 triệu yên; và chỉ có tham gia vào "Tomodachi Game" thì mới có thể trả hết nợ.