Câu chuyện là cuộc đối đầu giữa tổ chức Mishima Zaibatsu - Jin Kazama. và tổ chức G Corporation đối lập với Mishima Zaibatsu. Cả hai đều tìm kiếm thông tin về một học sinh có tên Shin Kamiya.cả hai bên quyết định cài người vào để tiếp cận Shin, Đại diện bên Jin là Alisa và bên Kamiya là Xiaoyu, trong quá trình làm nhiệm vụ hai người họ vô tình trở thành bạn thân của nhau.
Nữ sinh Kyouko với lối sống ngang ngạnh, quậy phá, chẳng tin vào bất cứ điều gì trên đời, bỗng 1 ngày gặp gỡ chàng giảng viên thực tập Honda Katsuya. Một người mạnh mẽ, lại hay cố tỏ ra tử tế như Katsuya dần bị thu hút bởi Kyouko sau những lần bị chế nhạo.
cô gái trung học Nagisa Yukiai sống ở thị trấn ven biển. Cô đã tin câu chuyện của bà nội mình rằng những linh hồn sống và chúng được gọi là kotodama (word spirit). Một ngày nọ, cô đụng vào một đài FM mini bị bỏ hoang. và một động lực thời điểm này, cô cố gắng nói chuyện như một DJ sử dụng thiết bị. Nhưng giọng cô ấy vô tình phát thanh đã đến được ai đó cô ấy chưa từng mong đợi.
Suzume, một cô gái 17 tuổi sống trong một thị trấn yên tĩnh ở Kyushu, bắt gặp một thanh niên đi du lịch nói với cô rằng "Tôi đang tìm một cánh cửa". Cô theo sau anh ta và phát hiện ra một cánh cửa phong hóa trong đống đổ nát trên núi, như thể đó là thứ duy nhất còn sót lại sau khi sụp đổ
Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.