Tại thành phố Nagasaki, câu chuyện diễn ra trong một thế giới nơi một lượng ma thuật nhỏ vẫn còn tồn tại trong cuộc sống hàng ngày. Hitomi Tsukishiro là một hậu duệ 17 tuổi của một gia đình phù thủy lớn lên với những cảm xúc, khi cô mất đi cảm giác về màu sắc từ khi còn rất nhỏ.
Bên ngoài trông như một nữ sinh trung học bình thường nhưng Kusakabe Maron thực chất là kiếp sau của Jeanne d’Arc. Với sự giúp đỡ của một thiên thần tên là Fin Fish, vào buổi tối, Maron trở thành Kaitou Jeanne để phong ấn bọn quỷ trốn trong những thứ đẹp đẽ làm hại chủ nhân của chúng.
Mirai là một cô gái 13 tuổi đang sống trong từ con người. Một ngày cô chứng kiến một đối tượng rơi bí ẩn từ trên bầu trời vào công viên. Hào hứng, cô mang con gấu nhồi bông của mình Mofurun với cô ấy để xem nó là cái gì. Khi cô ấy có cô thấy một cô gái tên là Riko bay trên một cây chổi. Riko là cùng tuổi và từ thế giới huyền diệu.
Suzuhara Izumiko sinh ra và lớn lên trong một ngôi đèn trên núi Kamuno, năm 15 tuổi. cô chuyển lên tokyo để học trung học. Trên đường đi, một vật thể tên là “Himegami” xuất hiện. Từ đó bí mật của gia tộc cô dần dần hé lộ.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.