Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Khi ba nữ sinh Yuuko, Kaori và Michiyo nhận được một món quà bí ẩn là một chiếc váy đẹp với họa tiết hoa, họ vui mừng khôn xiết. Đó sẽ là cơ hội để họ tỏa sáng trước tình yêu của họ! Tuy nhiên, ít ai biết rằng món quà có vẻ ngọt ngào này lại mang theo lời nguyền.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Vì một vụ tai nạn máy bay bắt đầu từ hôm nay, chúng tôi dành cả mùa xuân của cuộc đời mình trên một hòn đảo sa mạc !! Không có gì ở đây, vì vậy chúng tôi phải làm mọi thứ !! Và ăn tất cả mọi thứ !! (Ugh!) Hãy xem câu chuyện sinh tồn của nữ sinh trung học của chúng ta về lòng can đảm và trí tuệ. Chúng tôi thực sự đang làm khá tốt!
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.