Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Yagyu Jubei là một kiếm sĩ vĩ đại nhất của Nhật Bản. Kiếm thuật của ông là huyền thoại, nhưng một kẻ thù ông ấy không thể chiến thắng là cái chết. Trước khi chết, ông giao tất cả niềm tin cho người kế thừa và người này sẽ nhận được tất cả sức mạnh và kĩ năng của Yagyu Jubei, chỉ với miếng đeo mắt hình trái tim.
Câu chuyện về tình yêu và không chiến của một vị hoàng tử đã mất tất cả mọi thứ cho một cuộc cách mạng, một cô gái trở thành biểu tượng của cuộc cách mạng và một cô gái khác trên cuộc hành trình của riêng mình.Vị hoàng tử mồ côi đó nay đã đổi tên thành Karueru và bắt đầu dấn thân vào một chuyến đi không có đường lùi để khám phá đến tận cùng trời cuối đất. Tại hòn đảo trên không của Isura anh đã gặp Claire.