Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.
Dựa trên Light Novel cùng tên, Sora và Shiro một ngày nọ được triệu hồi đến một thế giới khác bởi một thằng nhóc tự xưng là "Thánh", một thế giới mà bất hoà và tranh chấp đều được giải quyết qua game, cuộc chiến của các gamer bắt đầu từ đây.
Câu chuyện của Stardust Crusaders bắt đầu tại nhà tù, nơi mà nhân vật chính là Kujo Jotaro (17 tuổi) - một tên đầu gấu chính hiệu - đang tự giam lỏng mình để khống chế một thế lực siêu nhiên mới vừa được thức tỉnh trong cậu - Stand. Để cứu lấy người mẹ đang dần bị đẩy tới bờ vực của cái chết, Jotaro phải thuần phục thứ sức mạnh không tưởng ấy và cùng với các chiến hữu lên đường tiêu diệt tận gốc tên ma ca rồng vừa trỗi dậy từ dưới đáy đại dương, cùng lòng căm thù dòng họ Jojo tới tận xương tận
"Không ai biết câu chuyện về cô gái mà mọi người đều biết." Numazu là một thị trấn cảng tuyệt đẹp được bao quanh bởi núi và biển. Yohane, một cô gái đã phải vật lộn để hòa nhập với môi trường xung quanh từ khi còn nhỏ, dành cả ngày để trốn tránh mọi người trong thành phố.