Vào năm 2100, một dự án khám phá sức mạnh mới của năng lượng. Amami Kurau là con gái của nhà khoa học chính của dự án, và vào ngày sinh nhật lần thứ 12 của cô, cô đi cùng cha cô đến phòng thí nghiệm để theo dõi các thí nghiệm. Sau đó, Kurau bị 2 luồng ánh sáng đánh trúng và sở hữu những khả năng phi thường.
Trong một tương lai gần, một căn bệnh tên là "Cagaster" đã xuất hiện. Nó biến con người thành côn trùng. Câu chuyện bắt đầu sau 30 năm kể từ khi phát bệnh, vào năm 2125. Nó kể về cuộc phiêu lưu của Kidou chiến đấu chống lại côn trùng .
Trong tiểu thuyết, những sinh vật bay bí ẩn được biết đến với tên gọi Zai đột nhiên xuất hiện, và để chống lại sinh vật này, nhân loại tạo ra máy bay chiến đấu gọi là “Con gái”, cũng như cơ chế chiến đấu tự động “Anima”, có hình dạng giống như con gái
Câu chuyện diến ra vào năm 2045, khi AI đã tiến bộ và bất kỳ ai cũng có thể du hành vào không gian. Những đứa trẻ được sinh ra trên mặt trăng và những đứa trẻ đến từ Trái đất đang trong chuyến du hành vào vũ trụ và gặp nhau tại trạm vũ trụ do Nhật Bản xây dựng, "Anshin".
Trong tương lai xa, loài người bị đẩy vào thế giới sâu thẳm dưới lòng đất gọi là Labyrinth và họ đang sống kề vai nhau. Mê cung có một số thuộc địa với môi trường khắc nghiệt chẳng hạn như một thuộc địa có nhiệt độ cực cao, trong khi một thuộc địa khác chứa đầy vàng và bạc.