Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Trên tiền tuyến của cuộc chiến, có một cô gái nhỏ bé. Tóc vàng, mắt xanh và làn da trắng như gốm sứ, cô bé chỉ huy đội quân với giọng nói phát âm còn chưa rõ . Tên của cô là Tanya Degurechaff. Nhưng thực tế thì cô bé là một trong những nhân viên văn phòng ưu tú nhất của Nhật Bản, được hồi sinh trong hình hài của một bé gái sau khi đã chọc giận sinh vật bí ẩn X
Câu chuyện sẽ xoay quanh Jean Otis, được biết đến như là người đàn ông xảo quyệt thuộc tổ chức này. Anh là người có chức lệnh cao thứ 2 trong bộ máy cơ quan kiểm tra này. Cơ quan ACCA gồm có 10 người được chuyển đến các nơi thuộc 13 bang trong vương quốc.
Vào năm 1604, bốn năm sau trận chiến lịch sử Sekigahara. Người dân đang cố gắng khôi phục lại cuộc sống từ hậu quả của nó và tận hưởng sự thái bình vừa đạt được. Trong bối cảnh đó, Yuya Shiina, một nữ săn tiền thưởng từ việc bắt tội phạm, đã tóm một thầy thuốc lang thang, yêu chuộng hòa bình Mibu Kyoshiro vì tội ăn “quịt”. Đang tìm cáchdẫn Kyoshiro đi báo quan, đột ngột một con quái vật kì dị xuất hiện, đòi giết Kyoshiro. Trong khoảnh khắc cận kề cái chết, mắt của Kyoshiro chuyển sau màu đỏ
Yagami Light là một học sinh cấp III rất thông minh nhưng luôn cảm thấy cuộc sống xung quanh thật tẻ nhạt và phẫn nộ với những tội ác và tham nhũng xảy ra trên thế giới. Cuộc sống của Yagami chỉ thay đổi vào năm 2003 sau khi cậu tình cờ nhặt được một cuốn sổ kỳ bí có tên "Death Note" (Desu Nōto, sách chết). Lời hướng dẫn sử dụng trên cuốn sổ đã ghi rõ rằng những người bị viết tên vào đây sẽ chết. Lúc đầu Yagami nghi ngờ về tính xác thực của cuốn sổ, cứ nghĩ rằng đây là trò đùa tinh quái của ai