Câu chuyện xoay quanh về cuộc sống của cậu bé 14 tuổi Renton con trai của một vị anh hùng đã lập nên đất nước… cậu đã sống những ngày nhàm chán ở một thành phố với ông của cậu, nhưng mọi mọi thứ đã thay đổi kể từ khi cậu gặp cô bé tên Eureka người đã lái chiếc Nivarsh phiên bản Zero và đã phá tan căn phòng của cậu, sau đó là lực lượng chính phủ tấn công khu làm việc của ông cậu
Series mới này sẽ mang một cốt truyện hoàn toàn mới, không có trong manga gốc của Daisuke Ashihara. Sẽ có thêm các nhân vật và tình tiết mới. Dàn cast bao gồm Tomo Muranaka (Yūma Kuga), Yuuki Kaji (Osamu Mikumo), Nao Tamura (Chika Amatori), Nobuhiko Okamoto (Jun Arashiyama), và Masakazu Morita (Shūji Miwa) đã xuất hiện trong sự kiện nhưng vẫn chưa biết gì về chi tiết của series mới.
A story of the bonds between those who fight, in a world pushed to its limits. On one of the countless parallel worlds that exist throughout spacetime, humanity has fought a decades long war against the BETA
Matsuri là một người thuộc dòng dõi chuyên diệt trừ các ayakashi. Cậu có một cô bạn thanh mai trúc mã là Suzu. Cô gái này là một “ayakashi miko”, người có nguồn năng lượng sự sống mạnh mẽ giúp tăng cường sức mạnh tâm linh cho yêu ma.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ