Trong tiểu thuyết, những sinh vật bay bí ẩn được biết đến với tên gọi Zai đột nhiên xuất hiện, và để chống lại sinh vật này, nhân loại tạo ra máy bay chiến đấu gọi là “Con gái”, cũng như cơ chế chiến đấu tự động “Anima”, có hình dạng giống như con gái
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Đây là một thế giới của phép thuật, nơi phép thuật được sử dụng cho mọi thứ. Nhưng sâu trong khu rừng tồn tại một chàng trai dành thời gian của mình để tập luyện
Nor là con trai của một quý tộc nhỏ với rất ít tên tuổi ngoài việc đã có cơ hội có việc làm nhưng vào hôm trước ngày đầu tiên đi làm, cậu đã bị hủy việc. Cậu sở hữu một đặc điểm hiếm có: khả năng phép thuật để tham khảo ý kiến từ các nhà hiền triết vĩ đại. Khi sử dụng khả năng này thì cậu phải chịu chứng đau đầu khủng khiếp!
Câu chuyện xoay quanh Daichi Manatsu, một nam sinh năm 2 trung học. Bị thôi thúc bởi cái chết bí ẩn của cha, kí ức về những người bạn hồi thơ ấu và vòng cầu vồng bí ẩn trên bầu trời, Daichi quay về quê hương Tanegashima để tìm hiểu ngọn nguồn sự việc. Tại đây, cậu vô tình phát hiện và trở thành phi công lái người máy Earth Engine, bay vào không gian giao chiến với sinh vật cơ khí Kill-T-Gang đến từ Thiên Vương tinh để bảo vệ trái đất.