Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
Có những người có thể đi vào tâm trí của mọi người và kiểm soát ký ức của họ. Sức mạnh này được sử dụng để xóa bỏ những bí ẩn và vụ án hoặc tệ hơn là ám sát.
Yuta Hibiki không thể nhớ mình là ai, một giọng nói kỳ lạ từ một chiếc máy tính cũ xưa mà chỉ mình Yuta có thể nghe được. Những hình ảnh về cỗ máy không lồ thoáng qua trong đầu, giọng nói ấy như muốn kêu gọi điều gì? Bỗng nhiên chưa hiểu
Shunichi là một tài năng về thể thao, tuy chỉ mới học lớp 5 nhưng cậu luôn nhận được rất nhiều lời mời gọi để thi đấu giúp các đội tuyển thể thao trong trường học của mình. Một hôm cậu buộc phải đấu Yoyo để chống lại kẻ bắt nạt và giúp bạn của cậu lấy lại Yoyo , trận đấu quyết liệt vàShunichi đã thắng. Nhưng sau đó cậu gặp Seito Hojoin một tài năng YoYo người đã dạy cho cậu ta biết thế nào mới thực sự là YoYo, tức giận và quyết tâm trả thù cậu bắt đầu luyện YoYo.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người