Một nhóm người đến căn cứ Quantico của FBI để dự khóa huấn luyện. Họ là những người giỏi nhất, thông minh nhất, sáng dạ nhất. Một trong số họ bị tình nghi là kẻ đứng sau vụ tấn công lớn nhất ở New York City sau sự kiện 11/9.
Được lấy ý tưởng từ cuốn sách cùng tên của tác giả R.L. Stine. Nội dung kể về Lindy Sampson - Victoria Justice - một nữ hacker (đẹp) nghe lời bạn thân dụ dỗ đi hẹn hò với mấy bạn trai (đẹp) trên mạng, rồi sau đó nghi ngờ một trong số họ là sát nhân hàng loạt. Lindy với trí thông minh siêu việt có khả năng nhìn thấy và kết nối những manh mối trên internet mà không ai khác có thể làm được.
Trong một chuyến du lịch sang Pháp, Oliver – đứa con trai nhỏ 5 tuổi của cặp vợ chồng người Anh Tony và Emily Hughes đã đột ngột biến mất. Vụ mất tích nhanh chóng trở thành một sự kiện chấn động, nhưng cảnh sát không thể tìm được đầu mối và vụ việc rơi vào bế tắc. Tám năm sau, khi vụ án đã khép lại và tất cả đều đã bỏ cuộc, thì Tony Hughes, cha của cậu bé vẫn miệt mài tìm kiếm đứa con trai với một manh mối mong manh và niềm tin không lay chuyển rằng con trai anh vẫn đang sống ở một nơi nào đó
nhưng con trai út của Lạc A Minh lại bị mắc bẫy của bọn tội phạm. Khi tiến hành điều tra, ông phát hiện ra đường dây ma túy có quy mô rất lớn và người đứng đầu là kẻ thù của ông trong quá khứ. Bị dồn vào chân tường, Đội trưởng Lục buộc phải cử con trai mình làm cảnh sát chìm. Và cuộc chiến bắt đầu
Phần 2 của X Files sẽ giới thiệu một số các nhân vật như X - người cung cấp thông tin cho Mulder, Alex Krycek - cộng sự của Mulder sau này trở thành kẻ thù của anh và Bounty Hunter Alien - một sát thủ biến hình.