Tiếp theo sau phần 2. Nội dung chả có gì nổi bật lắm, vẫn là Neuroi xuất hiện lại, các em bay đánh nhau, mọi người cùng tụ tập lại quanh Yoshika-chan và chơi cái final blow cho 1 con Neuroi bự. Và cuộc chiến lại tiếp diễn.
Sao Hải Vương và những người bạn của cô ghé thăm Watashi no Natsuyasumi Yama (Núi nghỉ hè của tôi) tràn ngập thiên nhiên để tận hưởng kỳ nghỉ hè của họ. Bốn nữ thần, những người tụ tập sau một thời gian dài, đang có một thời gian vui vẻ như bình thường
mùa hè trước khi Akane Tsunemori được giao cho Phòng Một của Cục Điều tra Hình sự của Cục An toàn Công cộng. Teppei Sugo, một phi công tài ba của Lực lượng đặc nhiệm số 15 của Quân đội Quốc phòng, tham gia chiến dịch quân sự ở Okinawa.
Satoshi và các bạn được đến phòng thí nghiệm của Tiến sĩ Yung để thử nghiệm hệ thống chiến đấu ảo. tuy nhiên trong khi xảy ra trận đấu thì Tiến sĩ Yung bị bắt cóc bởi các pokemon Misrage. Và đằng sau đó là một âm mưu sử dụng các pokemon Misrage huyền thoại để thống trị thế giới. Liệu Satoshi và các bạn có khám phá ra âm mưu đó không? hãy theo dõi movie special kỉ niệm 10 năm phát hành anime pokemon.
The film will be narrated from the viewpoint of Suwa, as he continues to support Kakeru and Nahos relationship. It will also feature an original story written by the series original creator Ichigo Takano, which takes place after the events in the manga and TV anime. The tagline in the key visual reads, "Since that day, Ive always wanted to show those two this future—."