Otokojuku - một trường tư dành cho thiếu niên phạm tội bị đuổi khỏi các trường học bình thường. Tại ngôi trường này, tinh thần thượng võ của Nhật Bản được huấn luyện bằng các nguyên tắc quân phiệt. Như một bộ phim hành động, các lớp học tràn đầy bạo lực. Chỉ có những người sống sót mới trở thành người đàn ông đích thực.
SAkura đến thủ đô với khát vọng bảo vệ thủ đô khỏi thế lực ma quỷ của Hội đồng chánh điện hắc ám giống như cha cô. Tuy nhiên mọi thứ không như là mơ, cô phải sử dụng sức mạnh tinh thần của mình để điều khiển Kubo và phải diễn kịch trong nhà hát quốc gia. Là một người hậu đậu và phá hoại, làm cô ấy trong mắt mọi người trở nên tồi tệ. Cô ấy phải học cách làm việc nhóm chung với họ để ngăn cản kẻ thù phá hủy những ngôi đền để bảo vệ thành phố.
Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.
Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).
Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.