Star Trek Into Darkness có nội dung xoay quanh Thuyền trưởng James T. Kirk và phi hành đoàn của tàu Enterprise, những người được giao nhiệm vụ truy lùng và bắt giữ một kẻ có vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng sau khi hoàn thành nhiệm vụ này, những gì diễn ra sau đó lại vượt quá sự tưởng tượng của họ.
một vụ đắm tàu tại vùng đất đã bị tàn phá từ rất lâu. Nữ phi hành gia còn sống sót sau vụ đắm tàu phải đối mặt với một nhiệm vụ quan trọng, người trực tiếp có ảnh hưởng đến quyết định về số phận của người dân còn sót lại ở vùng đất này.
sau cái chết của cô con gái nhỏ Missy, Jack trở nên đờ đẫn và mất phương hướng cũng như mục đích sống. Một ngày nọ, bức thư mời kỳ lạ đưa Jack đến túp lều nơi con gái thân yêu đã mãi mãi ra đi.
bác sĩ Emma Collins, người lãnh đạo một nhóm tại một hòn đảo nhỏ nghiên cứu ảnh hưởng của biến đổi khí hậu đối với cá mập trắng lớn . Nghiên cứu bị gián đoạn khi bạn trai cũ của nhà sinh vật học biển tên Richard đến, tìm kiếm một số con cá mập tăng cường
kể về hành trình đi tìm báu vật trên một hành tinh xa xôi của cô gái trẻ Cee và cha mình. Trong chuyến du hành đầy may rủi, họ luôn đặt quyết tâm cao nhất để có thể thu về thật nhiều sản vật và đá quý