Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower
Vào nửa cuối của thế kỷ 21, con người rời Trái Đất và bắt đầu định cư trên không gian, để thích nghi với môi trường trong không gian và đối phó với những người ngoài hành tinh thù địch trên Sao Mộc
Trong tương lai, Utopia cuối cùng cũng đạt được trình độ thượng thừa về y tế, khoa học và kĩ thuật. Đây là một thế giới đáng mơ ước khi mọi người không còn phải lo lắng về sức khỏe hay bệnh tật nữa vì đã có WatchMe và Mediacare. Nhưng chẳng có thế giới nào là hoàn hảo cả. Vì quá hòa bình nên các cô gái của chúng ta đâm ra chán và muốn phá cho vui.
Năm 3195, đã có một cuộc chiến giữa robot và con người. Khi Shaian, một robot chiến đấu có tri giác, mất đi bạn đồng hành của mình trong trận chiến, anh đã tắt hệ thống cho đến khi cảm biến của anh phát hiện ra một con người mới. Gần 1000 năm sau, kẻ thù lớn nhất của Shaian vẫn còn sống và đang chiến đấu ở Brazil.
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.