Gundam Breaker Battlogue Project hướng tới củng cố mối liên kết giữa series game Gundam Breaker và các mẫu ráp hình Gundam (gunpla). Các Mobile Suit với thiết kế mới này sẽ xuất hiện trong cả game lẫn ngoài đời thực (mô hình gunpla).
Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Sahashi Minato chán nản vì thi rớt đại lần thứ hai, bị mẹ cắt một nửa lương, chưa một mối tình vắt vai, đang trên đường đi về nhà trọ thì bỗng nhiên trên trời rơi xuống một cô gái xinh đẹp tên Musubi đang bị hai cô gái khác truy đuổi. Sau khi trốn thoát được, cô tự nhận mình là Sekirei và đang tìm một Ashikabi. Vậy Sekirei và Ashikabi là gì và câu chuyện sẽ diễn biến như thế nào, mời các bạn theo dõi
Masaki Hinaoka, người lớn lên gần bờ biển Ooarai ở tỉnh Ibaraki, gặp một học sinh chuyển trường Shou Akitsuki trước kỳ nghỉ, người đã giới thiệu cậu vào thế giới lướt sóng. Thông qua việc lướt sóng, Masaki gặp những người bạn chí cốt và trải qua cuộc chia tay khi anh trưởng thành.
12 chiến binh mang tên trùng với 12 Con Giáp, chiến đấu với nhau để giành lấy một điều ước