Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Đây có lẽ là cuối cùng của Da Capo, và nếu không, điều này chắc chắn là những câu chuyện cuối cùng về Hatsunejima và không bao giờ héo cây Sakura của nó. Rất nhiều điều được giải thích ở đây và nó cũng cho thấy một số lịch sử
Vào đầu truyện, một nữ sinh mang tên Momomiya Ichigo tham gia một buổi triển lãm về các sinh vật đang bị đe dọa tuyệt chủng với người bạn học mà cô thầm thương, Aoyama Masaya. Một trận động đất xảy ra và một luồng sáng kỳ lạ chiếu vào Ichigo cùng với bốn cô gái khác. Tiếp đó một chú mèo xuất hiện và nhập vào cơ thể Ichigo. Ngày hôm sau cô đột nhiên có những hành động, thái độ giống như mèo, ví dụ như Ichigo đột nhiên chộp lấy con cá trong căng tin, hoặc khi Ichigo ngã từ trên cao xuống thì cô
Đại gia tộc trừ tà diệt ma Tsuchimikado bước vào thời kì hoàng kim bậc nhất, danh tiếng vang xa khắp bốn bể dưới triều đại của Tsuchimikado Yako. Thế nhưng, tổ sư trừ tà Tsuchimikado Yakotrong trong một lần mắc sai lầm khiến cho phong ấn lối vào địa ngục bị phá vỡ, hàng vạn linh hồn ma quỷ trốn thoát và gây náo động khắp Tokyo. Kể từ đó, danh tiếng của gia tộc Tsuchimikado cũng tàn theo mây khói.
"Hãy làm điều người khao khát". Biết bao Anh hùng đã đấu với thế lực "Hủy diệt". để bảo vệ thế giới này. Thế rồi, thời gian trôi đi... Các Anh hùng đã lùi dần vào lịch sử, giờ đây vận mệnh của thế giới phụ thuộc vào cuộc chiến của những thiếu niên, thiếu nữ được mệnh danh là "Người kế tục