Nằm ở Tsukishima, Chuo-ku, Tokyo, ngôi đền nổi tiếng "Đền Gaoji" có lịch sử hơn 400 năm. Vị thần mà nó thờ là một yêu tinh ngủ trong nhà được triệu tập đến Nhật Bản từ một thế giới khác vào thời Edo, nhưng giờ chỉ ở lại ngôi đền cả ngày, bị ám ảnh bởi các trò chơi, hoạt hình và nhân vật, đồng thời mắc chứng sợ xã hội.
Sotara là một giáo viên dạy mỹ thuật ở một trường cấp 3 bình thường và được nữ sinh mến mộ. Thế nhưng........dưới cái bộ mặt đạo đức giả ấy, Sotara thật ra là Tí đạo chích (Mouse the Thief) cực kì nổi tiếng. Đạ mấu cờ hó nào mong chờ cảnh hen như trong truyện thì không có đâu nha
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Người ta nói rằng 70% khả năng bộ não con người đã không sử dụng. Nếu con người có sức mạnh khủng khiếp, nó được cho là ngủ yên trong khu vực này. 70% khả năng của bộ não không được sử dụng, được gọi là “Head Night”.