Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới nơi đất liền đang bị nuốt chửng bởi Biển Tuyết Vĩ Đại. Nhân loại đang trải qua một cuộc sống khắc nghiệt bên trên Tenmaku (một cách chơi chữ trong từ tiếng Nhật có nghĩa là lều), trải dài từ gốc đến ngọn của những Cây Quỹ Đạo khổng Lồ.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Câu chuyện xoay quanh về cuộc sống của cậu bé 14 tuổi Renton con trai của một vị anh hùng đã lập nên đất nước… cậu đã sống những ngày nhàm chán ở một thành phố với ông của cậu, nhưng mọi mọi thứ đã thay đổi kể từ khi cậu gặp cô bé tên Eureka người đã lái chiếc Nivarsh phiên bản Zero và đã phá tan căn phòng của cậu, sau đó là lực lượng chính phủ tấn công khu làm việc của ông cậu