Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
15 năm trước, một cánh cổng xuyên không gian kì bí đã mở ra ngay trên Thái Bình Dương. Bên kia cánh cổng là Reto Semaani – một thế giới khác, nơi có thần tiên và quỷ dữ cùng tồn tại.
Loài người đã mở rộng lãnh thổ và lòng tham của họ ra ngoài vũ trụ... Trong Thời Đại Vũ Trụ 0156, một cuộc chiến nổ ra ngay giữa những khu định cư trong không gian. Trái Đất bắt đầu xây dựng một con tàu chiến tên Tiramisu trong bí mật. Và ngay khi chiến tranh bắt đầu, một phi công đã lái Tiramisu như biểu tượng của hi vọng cho loài người.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Câu chuyện diễn ra tại thành phố Z của Nhật Bản tại thời điểm thế giới đầy những quái vật bí ẩn với sức mạnh ghê ghớm đã xuất hiện và gây ra biết bao nhiêu thảm họa.