Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Câu chuyện kể về anh chàng Yugo, một chuyên gia thương thuyết với mức độ thành công lên đến 99%. Trong phần đầu, anh sẽ phải đàm phán với những tên khủng bố đã bắt cóc một doanh nhân Nhật, câu chuyện diễn biến rất hấp dẫn tại Trung Đông. Trải qua giam cầm, tra tấn, cuối cùng anh đã gặp được trùm khủng bố.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".
Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Có một sinh vật tà ác được gọi là Aratama tấn công mọi người, và một nhóm Miko đang diệt trừ những sinh vật đó bằng cách sử dụng kiếm từ thời cổ đại. Những người mặc đồng phục và kiếm được gọi là Toji, người được chính thức gọi là Tokubetsu Saishi Kitoutai (Đội Đặc nhiệm Nghi thức Ritual) trong hiệp hội cảnh sát. Họ chính thức được chấp thuận sử dụng thanh kiếm của các quan chức chính phủ.