Câu chuyện bắt đầu với Hanabi, một cô gái lớp sáu, một cô gái mớ bước qua tuổi dậy thì, vẫn còn là trẻ em song lại là một người lớn chưa hoàn toàn.Chính những thay đổi về tâm sinh lsi khiến cho cô bé trở nên hoang mang hơn bao giờ hết.Đặc biệt là từ khi chứng kiến thấy nụ hôn của cô giáo chủ nhiệm của mình.
Học sinh lớp 3E có một nhiệm vụ: giết thầy giáo của họ trước khi tốt nghiệp. Ông ta đã phá hủy mặt trăng, và giao kèo là sẽ phá hủy Trái Đất nếu ông ấy không bị giết trong vòng một năm. Nhưng làm sao lớp học này có thể giết một tên quái vật xúc tu - sinh vật có thể đạt đến tốc độ 20 Mach - sinh vật có thể là thầy giáo tuyệt vời mà học sinh từng có?
Một câu truyện kể về cuộc sống học đường thường nhật cũng một cô gái luôn chọc phá một cậu trai mới lớn.
Game nguyên tác lấy bối cảnh tại Học Viện Goryoukan - Trường tư thục dành cho nữ với một khuôn viên rộng lớn. Ngôi trường danh tiếng này lại đang lưu giữ một bí mật. Nó là nơi tổ chức và huấn luyện đơn vị đặc biệt, đó chính là Lực Lượng thứ 5 bảo vệ thế giới khỏi những vật thể siêu nhiên vô hình gọi là Oburi đang nuốt chửng thế giới này.
Tiếp nối season 1, season 2 của Yuru yuri, vẫn là những cuộc vui chơi của 4 thành viên clb