Bằng việc đăng ký vào học trường Tenbi, Takeru đã dần xác định được cái mà cậu luôn tìm kiếm bấy lâu..nhưng…với cái máu “dê” cụ bẩm sinh thì mọi việc dường như chẵng suôn sẻ như cậu ta tưởng
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".
Endou Mamoru là thủ môn trường Raimon. Endou phải đi chiêu mộ thành viên và nếu không muốn câu lạc bộ xảy ra chuyện thì xem sẽ rõ. Nhờ vào sự nhiệt tình của Endou Mamoru, CLB bóng đá trường trung học Raimon đã không bị giải tán và dần trở nên tốt đẹp hơn. Đội bóng trường Raimon đã đánh bại nhiều đội bóng mạnh và hướng tới trận chung kết.
Sau khi lấy được 7 viên đá truyền thuyết, Chaos Emerald , Sonic và bạn bè mình tiếp tục chiến đấu chống lại tiến sỉ xấu xa Eggman. Khoảng khắc Sonic đột nhập vào sào huyệt của Eggman, thì 7 viên đá truyền thuyết đã được thu thập và tạo ra sức mạnh tống Sonic và những người khắc vượt thời gian đến thế giới loài người.