Seigi một cậu bé trung học giỏi võ thuật luôn khao khát bảo vệ những người yếu đuối xung quanh cậu. Trong một lần vô tình giải cứu một người đàn ông vô gia cư khỏi đám côn đồ càn quấy, Seigi đã được người đàn ông đó trao tặng Dấu Ấn - Vũ khí tối mật được Mỹ phát triển đồng thời Seigi cũng bị cuốn luôn vào trận chiến giữa Mỹ và vương quốc Serinistan hùng mạnh.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Lấy bối cảnh của Tokyo ở một thế giới khác, câu chuyện dõi theo bước chân của Tokunana – một đơn vị tập hợp những người đặc biệt thuộc Phòng Cảnh sát Thủ đô. Tokunana chiến đấu chống lại “Nine” – một tổ chức tội phạm chuyên tôn thờ những con rồng đã từng tồn tại ở thế giới này.
Một đêm nọ, một cậu thanh niên tên Tsunashi Takuto, bơi từ đất liền ra hòn đảo Minamijuuji xanh tươi phía Nam Nhật bản. Cậu đến để gia nhập vào bậc cao trung của học viện Minamijuuji. Với thái độ tích cực và năng nổ, cậu ấy dễ dàng phát triển mối quan hệ với mọi người, đặc biệt là Agemaki Wako và Shindou Sugata.Tuy nhiên, bên dưới học viện lại ẩn chứa một bí ẩn lớn. Ở dưới có 20 robo hình người bất động.Trên một hòn đảo nằm dưới bầu trời xanh, chung quanh có biển xanh bao phủ, một câu chuyện về
Câu chuyện bắt đầu khi 30,000 Game thủ Nhật Bản bị kẹt lại trong thế giới Elder Tale. Thế giới của đao kiếm và phép thuật nay đã trở thành hiện thực đối với họ. Câu chuyện là cuộc phiêu lưu của nhân vật chính Shiroe cùng người bạn cũ Naotsugu và nữ sát thủ xinh đẹp Akatsuki.