Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Xoay quanh cuộc phiêu lưu và chiến đấu của Ushio Aotsuki, người khám pha ra những bí mật của dònh họ rồi sau đó dính đến những rắc rối, những việc ma quái và một con vật có thể tàng hình có hình dạng giống hổ.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình