Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
Cốt truyện của Texhnolyze từ đầu đã bị làm rối một cách cố ý?! Giống như các nhân vật chính, tất cả những gì bạn có thể làm chỉ là im lặng - ngừng suy đoán để đi theo nhịp phim – nhịp tim rất chậm chạp. Họ im lặng và khóc, họ im lặng đi bên nhau, họ im lặng làm việc, họ im lặng giết chóc! Nhân vật duy nhất có thể xoay chuyển được cục diện tối tăm là một cô bé luôn mang chiếc mặt nạ giống công chúa Mononoke với khả năng nhìn thấy được tương lai – rủi thay cũng ăn mặc rất kín đáo và có đôi mắt
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.