Nijihara Ink, một cô nhóc cấp 3 với vóc dáng bé nhỏ, nhỏ đến nỗi rất hay bị nhầm tưởng với học sinh tiểu học. Trong lớp cô thích một cậu bạn tên Nao, nhưng do quá nhớn nên bị cậu này đối xử như trẻ con...
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Câu chuyện bắt đầu với Hanabi, một cô gái lớp sáu, một cô gái mớ bước qua tuổi dậy thì, vẫn còn là trẻ em song lại là một người lớn chưa hoàn toàn.Chính những thay đổi về tâm sinh lsi khiến cho cô bé trở nên hoang mang hơn bao giờ hết.Đặc biệt là từ khi chứng kiến thấy nụ hôn của cô giáo chủ nhiệm của mình.
Câu chuyện kể về anh chàng Yuiga Nariyuki con nhà nghèo, vượt khó, học giỏi. Để đạt được học bổng toàn phần trong trường cao trung của mình, cậu được giao một nhiệm vụ "nho nhỏ", đó là làm gia sư cho hai cô gái thiên tài: Furuhashi Fumino - thần đồng văn học và Ogata Rizu - thần đồng khoa học, để họ có thể đậu vào trường đại học mơ ước của mình.
Sai trận bán kết, 5 trường Seigaku, Rokkaku, Shitenhouji, Higa và Hyotei thi ăn yakiniku (thịt nướng). Cuộc thi kết thúc bằng những cái xác chất thành đống tiền cùng với cái hóa đơn ¥1,274,960 kèm theo thuế ¥63,748. Phần cuối là phần review trận chung kết.