Trong tương lai không xa, một thể tồn tại bất tử, vô giới tính mới tên là Gem, bắt đầu sinh ra trên Trái Đất. 28 Gem phải chiến đấu với Moon Dweller (Những người sống trên mặt trăng), những kẻ địch thường bắt cóc họ và biến nhwungx Gem thành đồ trang sức.
A story of the bonds between those who fight, in a world pushed to its limits. On one of the countless parallel worlds that exist throughout spacetime, humanity has fought a decades long war against the BETA
Kazuya Shiina, người đã bị giết vì bảo vệ sự an toàn của các cô gái, được tái sinh trong thế giới của kiếm và ma thuật mà anh ấy đã thấy trong giấc mơ của mình với tư cách là con trai thứ ba của một nhà quý tộc—Kain von Silverdot.
Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.