Saiki Kusuo có một mảng rộng của các siêu cường tại lệnh của ông, trong đó có thần giao cách cảm và Telekinesis. Điều này có vẻ tuyệt vời, nhưng theo kinh nghiệm của Kusuo, siêu cường là không phải tất cả họ đang nứt lên được. Anh ta cố gắng sống một cuộc sống bình thường, mặc dù khả năng gây phiền nhiễu mình.
Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Tập phim OVA, giải thích thêm về sự kết thúc của Eureka Seven AO. A new episode split into five parts, further explaining the end of Eureka Seven AO.