Hai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity), Bourne (Matt Damon) và Marie (Franka Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ. Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin. Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dị
Phim rất giản dị theo biến chuyển tình cảm giữa chàng phi công tài hoa (diễn viên Tom Cruise đảm nhận) và hướng dẫn viên bay (diễn viên Kelly McGillis). Nhưng bù vào đó là những cảnh quay rất độc đáo, những pha không chiến và phóng xe máy bạt mạng của chàng thanh niên mới yêu.
Hoa Kỳ có hai bãi phóng tên lửa đánh chặn nhằm ngăn chặn bất kỳ vụ phóng đầu đạn hạt nhân nào; Pháo đài đầu tiên, Pháo đài Greely ở Alaska , bị tấn công bởi những kẻ tấn công không rõ có liên quan đến một phe khủng bố , trong khi 16 đầu đạn hạt nhân đồng thời bị thu giữ từ lãnh thổ Nga.
Tên trộm khét tiếng Trương Đan trong một lần hành động gặp phải đối thủ khiến phi vụ thất bại rồi anh bị bắt vào tù. Sau 5 năm bị giam giữ, Trương Đan được phóng thích. Anh liền hợp tác cùng đồng bọn cũ, Tiểu Bảo, và tay lính mới Diệp Hồng liên tiếp thực hiện thành công nhiều phi vụ ngay dưới mũi của Pierre , thám tử người Pháp đã truy bắt anh suốt nhiều năm qua.
Trong phòng thí nghiệm tại Philadelphia của chính phủ bí mật nghiên cứu dự án của Chiến tranh Thế giới II, để chế tạo một chiếc tàu chiến vô hình. Khi thí nghiệm thành công, nó biến mất trong quá trình thử nghiệm đầu tiên vào năm 1943 mang lại chết chóc và tàn phá vào thế kỷ 21. Người sống sót duy nhất (Lea) và cháu gái của ông (Ullerup) để ngăn chặn nó.