Mỗi 243 năm sẽ có một trận Thánh chiến giữa Athena và Hades. Hades đã gửi Spectres đến ám sát Athena. Nhóm Seiya lại một lần nữa bảo vệ Athena và Sanctuary.
The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
JD (Junk Dog) tham gia vào những trận đấu boxing được dựng sẵn trong một sàn đấu để kiếm sống. Nhưng hôm nay, anh tham gia và vòng đấu đó một lần nữa, nhưng giờ anh gặp một người đặc biệt. JD muốn chấp nhận thách thức mà sẽ khiến anh mất mọi thứ.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa, cậu đã vượt thời gian quay trở về thời còn học sơ trung.
Vào năm 1274, một vị vua đáng sợ cùng với một đạo quân ngoại quốc đang tiến tới từ phía bên kia của biển. Sự kiện lớn Gekkou (Đây là sự kiện về cuộc chiến chống quân xâm lược Mông Cổ hung hãn của Nhật Bản) đã làm chấn động toàn Nhật Bản thời Trung Cổ.