Phòng học trống trải, ngày tháng buồn tẻ. Nó được cho là một kỳ nghỉ hè bình thường như bao kỳ khác. Đột nhiên, ngôi trường bắt đầu trôi qua một chiều không gian khác, và 36 chàng trai và cô gái bị bỏ lại ở đó, thức tỉnh khả năng siêu nhiên của họ. Giữa vòng xoáy của những câu hỏi lần lượt xuất hiện trong đầu, sự sống còn trong một thế giới siêu nhiên bắt đầu.
Lần này, những chiến binh dũng cảm phải chiến đấu với một tổ chức sát thủ bí mật chuyên giết người. Tổ chức này được biết tới với cái tên Dancing Swords (Những thanh gươm nhảy múa) họ tập trung những người có kỹ năng chiến đấu tốt và sức mạnh được thức tỉnh như của Hiyuu và mọi người chỉ có mục tiêu ám sát những kẻ sống ngoài vòng pháp luật. Hiyuu, Aoi, Kyoichi, Sakurai và Daigo bị tấn công bởi những kẻ này và phải chiến đấu chống lại chúng
Rin Asougi có vẻ chỉ là một nữ nhân viên công sở bình thường, nhưng thực chất cô là một điều tra mật sẵn sàng nhận mọi công việc, từ việc tìm một con mèo thất lạc tới đột nhập một phòng thí nghiệm được canh gác cẩn mật. Hơn nữa, Rin còn bất tử, có khả năng chữa lành mọi vết thương. Cùng với Mimi và dòng họ Maeno, Rin vén màn những bí mật tăm tối nhất của xã hội, nhưng thứ mà Rin trốn tránh còn tội lỗi hơn rất nhiều.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Câu chuyện xoay quanh một cô gái mồ côi đang bị đau ốm, liên tục bị bắt nạt bởi tên Minori. Sau một ngày mưa, cô không xuất hiện ở trường và đã được đưa vào bệnh viện ở một thị trấn khá xa. Hai tháng trôi qua, bạn học của 2 cô gái, Takashi và Kyōko, nhận được một email bí ẩn mà không có người gửi nào được ghi. Email cho thấy một lễ hội mùa hè diễn ra tại một thị trấn gần đó