Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.