Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Tiếp nối chuỗi sự kiện trong quá khứ, Jin và các đồng đội đều mất trí nhớ. Thức dậy sau một giấc mơ kỳ lạ, con quay của Jin tiến hóa thành một con quay NADO quyền năng. Sau đó cậu tìm lại được ba người bạn của minh, lúc này cũng đang nắm giữ trong tay những con quay NADO hùng mạnh.
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.