Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Người mẫu nam Hazama Masayoshi có ước mơ trở thành một siêu anh hùng, mặc dù cậu không có siêu năng lực, cũng không có công cụ công nghệ cao hỗ trợ. Cậu lấy tên Samurai Flamenco và bắt đầu hành nghề trừ gian diệt ác, làm việc tốt bảo vệ công lí, nhân danh Sứ giả của Chính nghĩa. Masayoshi và anh cảnh sát Gotou Hidenori tình cờ gặp nhau trong một tình huống tréo ngoe, để rồi từ đó anh cảnh sát bị vướng vào vô số rắc rối. Hai con người trẻ tuổi phải đối diện với những thử thách gay do khi đi tìm
các vấn đề về an toàn thực phẩm.Trượt trên đà lợi nhuận,một số người ngày nay gần như mất hết nhân tính khi coi thường sức khỏe người tiêu dùng,họ sẵn sàng làm mọi thứ chỉ để vun đắp cho cuộc sống của cá nhân họ mà trở nên ích kỉ và tàn nhẫn với đồng loại của họ.Đã có hàng trăm vụ ngộ độc thực phẩm xảy ra và chính phủ Nhật đã vào cuộc kiểm soát,lên tiếng cho sức khỏe người tiêu dùng.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.