Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Cậu thiếu niên Tandoji Alma đang sống cuộc đời cô độc, bị bạn bè xa lánh ở một thành phố cảng thuộc vùng Kantou thì bỗng dưng Aiba Ruri - một cô gái lạ mặt đến xin nhờ cậy sức mạnh "Sacred Seven" mà cậu sở hữu. Tuy vây, Alma ngay lập tức từ chối, vì trong quá khứ sức mạnh này dã từng bị mất kiểm soát, khiến cậu đả thương rất nhiều người xung quanh.
Vào năm 1274, một vị vua đáng sợ cùng với một đạo quân ngoại quốc đang tiến tới từ phía bên kia của biển. Sự kiện lớn Gekkou (Đây là sự kiện về cuộc chiến chống quân xâm lược Mông Cổ hung hãn của Nhật Bản) đã làm chấn động toàn Nhật Bản thời Trung Cổ.
Một kẻ thù bí ẩn từ không gian gọi là "Dark Spinner" xuất hiện và chúng theo sau Năng lượng Trái đất, được tạo ra bởi các vòng quay của trái đất. Những người đứng lên ngăn chặn họ là hai anh em sinh đôi, Raiga và Kuga, cùng với đội bảo vệ trái đất Earth Granner. Nhưng liệu họ có thể bảo vệ trái đất?
Vào năm 2061 sau Công nguyên, Nhật Bản đã mất chủ quyền. Người dân Nhật Bản trải qua những ngày tháng của họ như những công dân bị áp bức sau khi bị phân chia và cai trị bởi bốn phe thương mại lớn.