"Không ai biết câu chuyện về cô gái mà mọi người đều biết." Numazu là một thị trấn cảng tuyệt đẹp được bao quanh bởi núi và biển. Yohane, một cô gái đã phải vật lộn để hòa nhập với môi trường xung quanh từ khi còn nhỏ, dành cả ngày để trốn tránh mọi người trong thành phố.
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Câu chuyện xảy ra vào một tương lai xa xôi khi robot đã thống trị hành tinh và được cai trị bởi Braiking Boss. Một ngày nọ, Casshern, một robot dưới quyền Braiking nhận lệnh đi giết Luna, một robot được mệnh danh là "Mặt Trời mang tên Mặt Trăng". Từ đây, sau khi Luna chết đi, thế giới bắt đầu thay đổi, các robot trước kia vẫn bất tử bỗng lần lượt chết đi vì một căn bệnh kỳ lạ mang tên "Hủy Hoại", thế giới dần điêu tàn và tiến đến hủy diệt. Trong khi đó, Casshern biến mất
Một kỹ sư trẻ, Tetsurou Okino, được chuyển đến một công ty tiêu diệt sâu bọ tên là Hato Industries cùng với robot Bullbuster mới do chính anh phát triển. Ở đó, Hato Industries, một công ty nhỏ có ít tiền và chủ tịch Tajima của nó đang chống lại một sinh vật bí ẩn.
Nanase Takeshi, một tên nam sinh bình thường, có chút hơi hướng tự kỉ, vô tình gặp được một nữ sinh, đến từ một trường nào đó mà cậu không hề biết. Cuộc gặp gỡ đó đã thay đổi toàn bộ cuộc đời của Nanase