Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Yanagi Yukito là một cô nhi - một hôm trời quang mây tạnh, cô đã gặp được một gã đệ tử kỳ dị của cha mình. Người đàn ông lạ lùng đưa cậu đến quê hương của mình trên đảo Ayakajima, gồm 7 hòn đảo với những sinh vật bí ẩn được gọi là "Mitama" và cũng tại đây được đồn đại cho rằng có rồng sinh sống.
Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Đây là một thế giới của phép thuật, nơi phép thuật được sử dụng cho mọi thứ. Nhưng sâu trong khu rừng tồn tại một chàng trai dành thời gian của mình để tập luyện
một thanh niên tên là Al Wayne đã thề sẽ phát huy tối đa tất cả các kỹ năng trồng trọt của mình và trở thành vua của những người nông dân. Cuối cùng, anh cũng đã hoàn thành nguyện vọng đó của mình để sống như một người nông dân bậc nhất. Tuy nhiên, vào ngày anh thành thạo những kỹ năng liên quan này, cuộc đời anh đã rẽ sang một hướng hoàn toàn khác với nghề nông..