Misumi Makoto vốn chỉ là một học sinh trung học bình thường, giỏi bắn cung và đam mê phim lịch sử. Nhưng rồi một ngày kia khi cậu tỉnh lại, thì bỗng phát hiện ra mình đang ở một nơi kỳ quái không để đâu cho hết! Một thế giới xa lạ, một nơi thậm chí còn không thuộc về Trái Đất?
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
kể về hành trình phá án ly kỳ của thiên tài thi ca Ishikawa Takuboku và nhà ngôn ngữ học lừng danh Kindaichi Kyosuke vào thời Minh Trị. Takuboku vì rơi vào cảnh bần cùng, tài chính kiệt quệ đã phải bỏ làm thơ để mở một văn phòng thám tử tư tại nơi mình ở có tên là Văn Phòng Thám Tử Chim Gõ Kiến.
Xoay quanh cuộc phiêu lưu và chiến đấu của Ushio Aotsuki, người khám pha ra những bí mật của dònh họ rồi sau đó dính đến những rắc rối, những việc ma quái và một con vật có thể tàng hình có hình dạng giống hổ.