Chuyển thể từ phần game đầu tiên của dòng game nổi tiếng Ys. Erestia là một hòn đảo - vùng đất giàu có bỗng nhiên bị cô lập trên biển do cơn bão xoáy bí ẩn, cuốn trôi những ai tới gần Esteria. Có tin đồn rằng quái vật, quỷ dữ đã chiếm lấy nơi đó.
ói về một sự mất tích bí ẩn đang xảy ra sau khi một khác trong Tatsumi Town. Kiriya có một tầm nhìn từ một cô gái xinh đẹp bí ẩn với đôi tai nhọn. Một cuốn sách nói cho một thế giới khác được tìm thấy. Và Mao tìm kiếm người bạn bị mất từ lâu của mình, Zero, đến với thế giới của chúng tôi.
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Nhân vật nữ chính là Saya- là một trong hai "ma cà rồng" thuần chủng của chủng loài Chiropteran. Cô trở thành một thợ săn của Red Shield- một tổ chức lập ra với mục đích tiêu diệt Diva- em gái song sinh của Saya, kẻ đã tạo ra các Chiropteran khát máu và là mối đe dọa lớn của loài người (Diva muốn dùng máu của mình để biến loài người thành Chiropteran). Saya sử dụng một thanh katana đặc biệt có thể dẫn máu từ tay của Saya để tẩm lên lưỡi kiếm và "thanh tẩy" các Chiropteran bất tử.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.