Shinjiro Hayata, con trai của Shin Hayata, người đầu tiên là Ultraman, có sức mạnh đặc biệt tự nhiên. Một ngày nọ, Shinjiro bị tấn công bởi những kẻ thù vô danh. Ultraman đã cứu ngày hôm đó, và lột mặt mình để cho Shinjiro biết rằng anh ta là cha mình.
Từ thời Edo đã tồn tại các đầu trường, mà tại đó các thương gia thuê đấu sĩ đấu tay không với nhau, bên nào thắng sẽ có tất cả. Tokita Ouma, biệt danh là “Ashura” tham gia đấu trường và đánh thắng tất cả các đấu thủ của mình. Khả năng đặc biết đè bẹp mọi đối thủ của cậu ta đã được các ông chủ tập đoàn lớn để ý, trong đó có chủ tịch tập đoàn Nogi Hideki.
Tiếp tục phần một cuộc hành trình quay về cứu nguy cho quê nhà của nhân vật chính nhưng giữa đường gặp số đào hoa anh main lại cứu thêm 1 bé nữa vậy là giông tố bắc đầu nổi lên lần nữa.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
nguyên tác vốn là bộ manga khoa học viễn tưởng cực nổi tiếng của tác giả Shotaro Ishinomori, được đăng trên tuần san Shonen King từ những năm 1964. Manga đã từng 3 lần được chuyển thể thành TV Anime, 4 tựa phim chiếu rạp (mới nhất là 009 Re:Cyborg năm 2012). Được biết, câu chuyện của Cyborg 009 Call of Justice sẽ kể về Joe Shimamura cùng những cyborgs (nửa người nửa máy) khác đối đầu với Bresudo