Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Allen- người bị xem là không thể nhận được món quà từ Chúa. Nhưng danh tính thực sự của anh ta là một cựu anh hùng với ký ức và sức mạnh của kiếp trước! Anh bị trục xuất khỏi gia đình công tước, Allen đã cố gắng bắt đầu một hành trình tự do.
Yagyu Jubei là một kiếm sĩ vĩ đại nhất của Nhật Bản. Kiếm thuật của ông là huyền thoại, nhưng một kẻ thù ông ấy không thể chiến thắng là cái chết. Trước khi chết, ông giao tất cả niềm tin cho người kế thừa và người này sẽ nhận được tất cả sức mạnh và kĩ năng của Yagyu Jubei, chỉ với miếng đeo mắt hình trái tim.
kể về anh chàng Kaiji Itou là một kẻ quỵt nợ trôi người bố thất vọng của mình với cuộc sống thông qua sự phá hoại. Một ngày nọ, ông biết rằng bằng cách không suy nghĩ đồng ký kết hợp đồng cho mượn râm một cựu workmate của ông đã làm cho mình phải chịu trách nhiệm cho một số lượng tê liệt của lãi suất kép.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái