Hội chứng tuổi dậy thì — một hội chứng bí ẩn, tin đồn chỉ ảnh hưởng đến những người ở tuổi dậy thì. Một cô gái thỏ đột nhiên xuất hiện trước mặt Sakuta Azusagawa. Danh tính thực sự của cô gái thỏ là Mai Sakurajima, một thiếu niên nổi tiếng hiện đang là một học sinh trung học không hoạt động.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Kobayakawa Sena là một cậu bé chuyên bị sai vặt lúc còn học tiểu học và trung học. Nhưng mọi thứ đã thay đổi khi cậu bắt đầu nhập học ở trường Deimon, và Hiruma - đội trưởng câu lạc bộ bóng bầu dục đã phát hiện ra khả năng đặc biệt ở cậu rất phù hợp với môn thể thao này. Hiruma đã "nhận" cậu ta vào đội bóng và đặt biệt danh cho cậu là Eyeshield 21 - một runner huyền bí có tốc độ ánh sáng. Và mọi chuyện bắt đầu từ đó.
Nhân vật chính haneru là học sinh trung học yêu thích khiêu vũ. Cậu không thể ngồi yên và cậu còn cảm nhận được giai điệu của viên phấn trong lớp học. Một ngày nọ khi tan học, Haneru gặp Kanon - người đang luyện tập khiêu vũ tại một nơi tập huấn bí mật. Cả 2 hiểu niềm vui khiêu vũ của nhau qua điệu nhảy hạnh phúc của nhau
Mirai, cô gái luôn mơ ước được tham gia vào CLB Thiên Văn khi mới bước vào cao trung, sau khi gặp một cậu bạn và hứa sẽ khám phá các tiểu hành tinh mới khi cô còn nhỏ. Nhưng khi cô vào học, CLB Thiên Văn đã bị xóa sổ vào một năm trước và bây giờ nó đã bị gộp lại chung với CLB Khoa Học Địa Cầu.