Trong Khủng Hoảng Xianglong diễn ra vào năm 2031, Leon Lau đã tận mắt chứng kiến sự việc diễn ra.Lò Phản Ứng Lượng Tử, một lò phản ứng thế hệ mới để thay thế nguồn nguyên liệu thiên nhiên đang dần cạn kiệt, đã phát nổ và phóng ra một loại năng lượng bí ẩn
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài.