Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Vào cuối thế kỉ thứ 19, nước Anh dần dần mở rộng quyền lực và phát triển thần tốc nhờ cuộc Cách mạng công nghiệp. Tuy nhiên, trái với sự thăng hoa của công nghiệp và tốc độ phát triển, đất nước đang bị chi phối bởi những quý tộc chỉ chiếm 3% dân số cả nước, bởi hệ thống phân chia giai cấp lâu đời ở Anh.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Shouzou và Ine là hai ông bà lão đã dành cả cuộc đời làm lụng vất vả mà chưa kịp tận hưởng tuổi xuân. Thế nhưng một kỳ tích lại xảy ra khiến cả hai đều được trẻ lại một lần nữa. Với quãng thời gian dài hơn và cơ thể khỏe mạnh, đôi vợ chồng già này sẽ như thế nào?
35 năm tại học viện, họ là một trong những đội theo học tại học viện chuyên về nuôi các thợ săn phù thủy, với công việc là tìm kiếm, vô hiệu hóa bất kỳ mối đe dọa kì lạ!